Детская городская поликлиника №3 города Новосибирска была основана в 1973 году, тогда во вновь построенном здании было открыто 3-е поликлиническое отделение детской больницы №6.

В 1981 году создается Калининский район и проводится полная реструктуризация здравоохранения Дзержинского района. Третье поликлиническое отделение выделяется из состава больницы № 6 в самостоятельное учреждение - детскую городскую поликлинику №3. Она обслуживает около 17 000 детского населения.

В 1986 году, в структуре поликлиники появляется дошкольно-школьное отделение для обслуживания детей Калининского района. В 2004 году поликлиника становится победителем конкурса "Лучший педиатр".

В 2007 году в рамках национального проекта "Здоровье" поликлиникой получено новое диагностическое оборудование.

В детской городской поликлинике №3 работают кабинеты детского эндокринолога, оториноларинголога, офтальмолога, детского хирурга, детского кардиолога, невролога. Проводятся забор крови на биохимическое исследование, ВИЧ, RW, иммунограмму, HBsAg, забор материала на дифтерию, псевдотуберкулез, микрофлору мочи, кишечную микрофлору, менингококк, микрофлору грудного молока, микрофлору мокроты, микрофлору отделяемого глаз и ушей.

В лаборатории проводятся исследования общего анализа крови, крови на сахар, общего анализа мочи, кала на яйца глистов, копроскопия.

В отделении ультразвуковой диагностики проводятся исследования тазобедренных суставов, органов брюшной полости, сердца, щитовидной железы, молочных желез.