Детская городская клиническая больница №6 города Новосибирска начинает свою историю в развивающемся Дзержинском районе, для оказания помощи детям в 1935 году основывается детская консультация №5, в ее состав входит молочная кухня.

В 1950 году по приказу городского здравоохранения консультацию №5 включают в состав детской больницы №21. В 1975 году объединились детские больницы №21 и №10 в детскую объединённую клиническую больницу №6, в состав которой входил стационар на 220 коек, детская молочная кухня, два поликлинических отделения. В 1987 году вводится в эксплуатацию новое отделение восстановительного лечения.

В 2005 году прошла реструктуризация коечного фонда больницы, после которой он уменьшился на 120 коек. В 2009 году учреждение переименовано в детскую городскую клиническую больницу №6. В 2010 году на базе третьего поликлинического отделения был открыт "Центр здоровья для детей". Стационар больницы является клинической базой некоторых кафедр Новосибирского государственного медицинского университета и Новосибирского медицинского колледжа.

В состав детской городской клинической больницы №6 входят 3 поликлинических, 1 стационарное отделения, а так же клинико-диагностическая лаборатория и центр здоровья для детей. В больнице получают экстренную и плановую медицинскую помощь дети с заболеваниями верхних и нижних дыхательных путей, с бронхо-лёгочными заболеваниями. В составе стационара: отделение раннего возраста, лечение здесь получают малыши от 3 месяцев до 3 лет, и отделение старшего возраста для детей от 3 до 15 лет. В больнице есть палата реанимации и интенсивной терапии, оснащенная современным медицинским оборудованием. Поликлиники оснащены кабинетами ультразвуковой, функциональной диагностики, физиотерапии, массажа и ЛФК. Центр здоровья оснащен современным оборудованием, которое позволяет выявить заболевания уже на начальной стадии. Проводятся специальные школы здоровья для детей с целью формирования здорового образа жизни.