В октябре 1993 года, во исполнение и в соответствии с Постановлением ВС РФ от27.12.1991 г. № 2123-1, постановлениями Правительства РФ № 806 от 21.10.1992 г. и № 958 от 11.12.1992 г., создан Научно-лечебный центр Комитета ветеранов подразделений особого риска РФ на 300 коек, для лечения и реабилитации ветеранов-участников военно-ядерных мероприятий и членов их семей.

С этой целью, решением Малого совета Санкт-Петербургского совета народных депутатов от 2 февраля 1993 года № 24 Комитет по здравоохранению передал Комитету ветеранов ПОР РФ городскую больницу № 13 им. Л.Б.Красина со всем имуществом, работающим там персоналом и сохранением профиля лечебных отделений. Здания и сооружения больницы переданы в аренду на 49 лет. Однако, существующие мощности больницы для развертывания 300 коек научно-лечебного ценра оказались недостаточными, что требовало проведение реконструкции.

В 1995 году было выполнено технико-экономическое обоснование реконструкции. Из-за отсутствия финансирования реконструкция центра началась в 2004 году приказом ФМБА России от 24 мая 2007 года № 146 утверждена предпроектная документация (обоснование инвестиций) по Расширению и реконструкции НЛЦ.