ФГУН Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора был создан в 1963 году Постановлением Совета Министров СССР Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии для разработки научных основ противоэпидемического обеспечения населения страны.

В 1967 году Приказом Министра Здравоохранения СССР в институте был организован клинический отдел инфекционной патологии.

Первым директором института была назначена профессор Т.А.Николаева (1963-1965 гг.), ее сменил профессор А.А.Сумароков (1966-1970 гг.), а с 1971 года и по настоящее время институт возглавляет академик РАМН, профессор В.И.Покровский. За эти годы институт приобрел широкую известность не только в нашей стране, но и за рубежом, как разработчик новых перспективных направлений в эпидемиологии и инфекционной патологии.

С 1971 г. по 1999 г. в структуру института входил Астраханский филиал, который затем был преобразован в Научно-исследовательский институт краевой инфекционной патологии Астраханской Государственной медицинской академии.

Институт является головным учреждением Научного совета по эпидемиологии, инфекционным и паразитарным заболеваниям, созданного совместным приказом МЗ и РАМН, осуществляющего координацию и экспертизу научно-исследовательских работ в России по проблемам эпидемиологии и инфекционной патологии.

ФБУН ЦНИИЭ осуществляет плодотворное сотрудничество с ВОЗ, Международными Центрами, зарубежными институтами и университетами.

На базе института функционируют центры Роспотребнадзора: Федеральный научно-методический Центр по профилактике и борьбе со СПИДом, Российские центры: по внутрибольничным инфекциям; менингококковой инфекции и гнойным менингитам; шигеллезам; сальмонеллезам; зоонозам; по слежению за состоянием коллективного иммунитета к инфекциям, управляемым средствами специфической профилактики; Центр молекулярной диагностики инфекционных болезней; сотрудничающий с ВОЗ Центр по зоонозам.

Институт является одним из главных разработчиков в стране теоретических основ и концепций в области эпидемиологии, социально-экономической значимости инфекционных болезней, патогенеза, диагностики, терапии и профилактики инфекционных болезней.

В числе сотрудников института 5 действительных членов РАМН, 1 член-корреспондент РАМН, 18 профессоров, 39 докторов и 50 кандидатов наук, 6 Заслуженных деятелей науки РФ, 6 лауреатов Государственных премий, 15 лауреатов премий Правительства РФ.

В институте работает докторский диссертационный совет Д 208.114.01, осуществляющий экспертизу диссертационных работ, проведение защит кандидатских и докторских диссертаций по специальностям 14.00.30 "Эпидемиология" и 14.00.10 "Инфекционные болезни". ГУ ЦНИИЭ внес большой вклад в подготовку кадров высшей квалификации, только сотрудниками института за это время защищено 160 кандидатских диссертаций, из них 48 - защитили докторские диссертации, а 4 - избраны академиками РАМН, 1 - член-корреспондентом РАМН. Многие возглавляют лаборатории и отделения ЦНИИЭ, лаборатории и кафедры других НИИ и медицинских ВУЗов.

При институте имеются докторантура, аспирантура, клиническая ординатура. Большое число преподавателей ВУЗов, НИИ и сотрудников практического здравоохранения выполняли и выполняют диссертационные работы под руководством сотрудников института.

Институт имеет Учебный Центр и лицензию на проведение преподавательской деятельности в сфере последипломного профессионального образования. Ежегодно проводятся курсы по специализации и повышению квалификации, в том числе ВОЗ.