ФГУ "Московский НИИ педиатрии и детской хирургии" Москва успешно работает на рынке услуг лечебных учреждений с 1927 года.

На базе института работают центры на функциональной основе:

детский кардиоревматологический центр (проф. И.В. Леонтьева),
детский центр по наследственной патологии (проф. П.В. Новиков),
научно-практический пульмонологический центр (доктор мед. наук Ю.Л. Мизерницкий),
научно-практический противосудорожный центр (доктор мед. наук М.Ю. Никанорова),
детский нефроурологический центр (проф. В.В. Длин),
научно-практический центр по детской аллергологии и дерматологии (доктор мед. наук Ю.С. Смолкин),
городской пульмонологический центр (канд. мед. наук М.Е. Дрожжев) и др.

Институт является соучредителем журнала «Российский вестник перинатологии и педиатрии» и издает приложения-лекции к нему.