C первых лет своего существования Институт Микробиологии РАН является ведущим научным учреждением страны в области общей микробиологии и вирусологии – систематики, экологии, генетики и биотехнологии микроорганизмов и вирусов.

Сегодня в Институте 2 отдела и 10 лабораторий, в нем трудятся 117 научных сотрудников. В Институте насчитывается 58 кандидатов и 25 докторов наук, в том числе 4 члена Российской Академии наук, что свидетельствуют о высокой квалификации научного коллектива ИНМИ. О высоком рейтинге Института свидетельствует и существенный аспирантский корпус – численность аспирантов из самых различных ВУЗов России в среднем составляет 20 человек.

Проводя фундаментальные исследования сотрудники Института активно внедряют свои наработки и в биотехнологию – микробиологические методы извлечения драгоценных и полиметаллов из бедных руд, повышения нефтеотдачи пластов, очистки твердых бытовых и промышленных отходов, снижения содержания метана в угольных шахтах, наработки грибных лекарственных препаратов.

Признанием научных заслуг коллектива Института микробиологии РАН явилось решение Президиума РАН от 9 декабря 2003 г. о присвоении Институту микробиологии РАН имени великого российского микробиолога Сергея Николаевича Виноградского.